2018年底，國家有關部委開展長江經濟帶小水電清理整改工作后，按照云南省政府安排部署，省水利廳牽頭會同有關部門制定方案抓落實，印發了經省政府常務會審議通過的《云南省小水電清理整改實施方案》，成立了省級小水電清理整改領導小組，全面啟動清理整改工作。
截至目前，云南省安裝生態流量監測(監控)設施的電站有1650座，完成率100%，1577座電站接入監管平臺，完成率96%;省級、州(市)級、縣級生態流量監管平臺已按時建成。全省立即退出類電站已退出218座，完成率89%。立項審批(核準)、環評、水資源論證(取水許可)、土地預審、林地證(占)用等審批手續完善率達85%以上。
赤水河是長江上游的重要支流，流域(云南段)共建有小水電站17座，截至2020年9月底，昭通市威信、鎮雄兩縣已按照《云南省赤水河流域小水電清理整改復核報告》全面完成了赤水河流域17座小水電站拆除工作。拆除后，可以恢復河道連通性，消除電站堤壩對赤水河河道阻隔及生態環境破碎化的不利影響，有利于赤水河生態保護治理。
通過全省上下協同一心的努力，云南省保護長江水系健康工作已取得系列成效。截至2020年11月，全省200個重要河湖庫渠水功能區水質達標率為89.5%，納入國家考核的地表水優良水體(達到或優于Ⅲ類)比例從“十二五”末的66.0%提升至今年的83%，珠江、長江和西南諸河流域優良水體比例分別達到68.7%、77.8%和91.7%。
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