“可燃冰”的開采方法主要有三種，即熱解法、減壓法和置換法。開采的最大困難是保證井底的穩定，使甲烷氣體不泄漏，不會造成溫室效應。
熱解法
利用可燃冰在加熱過程中的分解特性，可以將甲烷蒸氣從固態分解出來。但這種方法的難點在于不易收集。海底的多孔介質不是集中成“一塊”或大塊巖石，而是分布更均勻。如何有效地鋪設和收集管道是一個亟待解決的問題。
減壓法
一些科學家提議將核廢料埋在地下，利用核輻射效應將其分解。但它們都面臨著與熱解同樣的管道布置和高效收集問題。
替換法
研究證明，將二氧化碳液化并注入1500米以下的海洋，會產生比海水比例更大的二氧化碳水合物，從而沉到海底。如果將二氧化碳注入海底甲烷水合物儲層，由于二氧化碳比甲烷更容易形成水合物，甲烷水合物中的甲烷分子可能被“擠出”并被取代。
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